Если вас не устраивает место куда вставляется QR-код на странице заказа, вы можете изменить его местоположение добавив код <div id="payqrcodealfa"></div> в нужном месте шаблона my.order.html
Если вам необходимо, чтобы штрих-код был вставлен в виде картинки, то добавьте код {shopPayqrcodealfaPlugin::payQrcodeByOrder($order.id)} в нужном месте уведомления.